Na Ekonomskom fakultetu realizuju se programi osnovnih istraživanja koje finansira Ministarstvo nauke i životne sredine Republike Srbije:
- «Uloga države u novom modelu rasta privrede Srbije»
- «Primena savremenih metoda menadžmenta i marketinga u unapredenju konkurentnosti preduzeća u Srbiji u procesu njene integracije u Evropsku uniju»
- «Rizici finansijskih institucija i tržišta u Srbiji – mikroekonomska i makroekonomska analiza»
- «Strategijske i taktičke mere za rešavanje krize konkurentnosti realnog sektora u Srbiji»
Pored projekata Ministarstva nauke Republike Srbije, na Fakultetu se realizuju i projekti primenjenih istraživanja za privredu, kao i komercijalni projekti. Veci broj projekata se realizuje za Ministarsvo ekonomije i regionalnog razvoja Republike Srbije, kao i za preduzeća iz javnog sektora.
Pored projekata, naučnoistraživačka delatnost Fakulteta uključuje i realizaciju većeg broja kurseva, seminara i stručnih savetovanja radi transfera znanja i obezbedenja kontinuiranog stručnog osposobljavanja. Na kursevima i seminarima učestvuje veći broj nastavnika i saradnika Fakulteta. Prisutni su i naučni seminari koje na odredene teme organizuju kateredre Fakulteta. Detaljnije o naučno-istraživačkim projektima (nicef.ekof.bg.ac.rs).
Fakultet organizuje i naučna savetovanja i konferencije, samostalno i li kao suorganizator sa drugim stručnim i naučnim institucijama, među kojima su i redovna godišnja savetovanja organizovana sa Naučnim društvom ekonomista.
Rezultati naučnoistraživačke delatnosti objavljuju se u okviru Centra za izdavačku delatnost Fakulteta, reč je o monografijama, zbornicima radova sa savetovanja, naučnim knjigama.
Kontinuirano se sprovodi i nabavka naučne i stručne literature iz inostranstva i pristup elektronskim naučnim i stručnim bazama podataka.